私たちの体は「交感神経」と「副交感神経」という2つの自律神経の調節によって、呼吸や循環、内分泌機能などのバランスが保たれています。
寝ている間は体を休め、回復させる方向に働く「副交感神経」が優位になることが知られていますが、睡眠時無呼吸から呼吸が再開するときに、体は寝ている状態でも脳が起きた状態になり（覚醒反応）、睡眠が分断されてしまいます。
すると、交感神経が活性化されます。交感神経は「闘争と逃走の神経」とも言われるように、体を活発に活動させるときに働くもの。寝ている間に本来優位ではない交感神経の活性が高まることで調節機能のバランスが崩れ、ホルモン分泌の異常や体内の炎症につながると考えられています。